JabRef vous permet de définir et d'utiliser vos propres formats d'importation, d'une façon très similaire aux filtres d'importation standard qui sont définis. Un filtre d'importation est défini par une ou plusieurs classes Java qui analyse le contenu d'un fichier à partir d'un flux d'entrée et crée des entrées BibTeX. Ainsi, avec un peu de programmation de base en Java, vous pouvez ajouter un format d'importation correspondant à votre source de références favorite ou enregistrer une version améliorée d'un format d'importation existant. De plus, cela vous permet d'ajouter des formats d'importation personnalisés compilés que vous pourriez obtenir à partir de SourceForge (par exemple) sans avoir à recompiler JabRef (voir plus bas "Partager votre travail").
Les formats d'importation personnalisés sont prioritaires sur les formats d'importation standard. De cette façon, vous pouvez remplacer les formats d'importations existants pour les fonctions d'auto-détection et de ligne de commande de JabRef. Les formats d'importation personnalisés sont classés par nom.
Assurez-vous que vous avez un filtre d'importation
    personnalisé compilé (un ou plusieurs fichiers
    .class sont décrits ci-dessous) et que les
    fichiers de classe soient dans la structure des
    répertoires selon la structure de leur paquetage. Pour
    ajouter un nouveau filtre d'importation personnalisé,
    ouvrez la boîte de dialogue Options -> Gérer
    les importations personnalisées, et cliquez 
    Ajouter à partir du répertoire. Une
    fenêtre de sélection de fichier apparaîtra,
    vous permettant de sélectionner le chemin de classe de
    votre filtre d'importation, c'est à dire le
    répertoire où se trouve le répertoire
    supérieur de votre structure de paquetage. Vous ouvrirez
    autant de  fenêtres que nécessaire pour
    sélectionner votre fichier de classe de filtre
    d'importation, lequel doit dériver de
    ImportFormat. Cela permettra ainsi d'indiquer le
    chemin complet d'accès au fichier de classe. En cliquant
    sur Sélectionner une nouvelle sous-classe de format
    d'importation, votre nouveau filtre d'importation
    apparaîtra dans la liste des filtres d'importation
    personnalisés. Tous les filtres d'importations
    personnalisés apparaîtront dans le menu Fichier
    -> Importer -> Filtres d'importation
    personnalisés et Fichier -> Importer et
    joindre -> Filtres d'importation personnalisés de
    la fenêtre de JabRef.
S'il vous plaît, notez que si vous déplacez la classe vers un autre répertoire, vous aurez à supprimer et à ré-ajouter le filtre d'importation. Si vous ajoutez un filtre d'importation personnalisé sous un nom qui existe déjà, le filtre d'importation existant sera remplacé. De plus, dans certains cas, il est possible de mettre à jour un filtre d'importation personnali sé existant sans redémarrer JabRef (lorsque le filtre d'importation n'est pas dans le chemin de classe). Cependant, nous recommandons de redémarrer JabRef après la mise à jour d'un filtre d'importation personnalisé. Vous pouvez aussi ajouter des filtres d'importation contenu dans un fichier ZIP ou JAR ; sélectionnez simplement l'archive Zip ou Jar, puis l'entrée (fichier de classe) qui correspond au nouveau filtre d'importation.
Pour des exemples et quelques fichiers utiles sur la façon de construire vos propres filtres d'importation, consultez s'il vous plaît la page de téléchargement.
Supposons que vous vouliez importer des fichiers de la forme suivante :
1936;John Maynard Keynes;The General Theory of Employment, Interest and Money 2003;Boldrin & Levine;Case Against Intellectual Monopoly 2004;ROBERT HUNT AND JAMES BESSEN;The Software Patent Experiment
Dans votre outil de développement ou éditeur
    de texte préféré, créez une classe
    dérivée de ImportFormat qui
    implémente les méthodes
    getFormatName(), isRecognizedFormat
    and importEntries(). En voici un
    exemple :
import java.io.*;
import java.util.*;
import net.sf.jabref.*;
import net.sf.jabref.imports.ImportFormat;
import net.sf.jabref.imports.ImportFormatReader;
public class SimpleCsvImporter extends ImportFormat {
  public String getFormatName() {
    return "Simple CSV Importer";
  }
  public boolean isRecognizedFormat(InputStream stream) throws IOException {
    return true; // ceci est déconseillé sauf pour les besoins de la démonstration
  }
  public List importEntries(InputStream stream) throws IOException {
        ArrayList bibitems = new ArrayList();
    BufferedReader in = new BufferedReader(ImportFormatReader.getReaderDefaultEncoding(stream));
    String line = in.readLine();
    while (line != null) {
      if (!"".equals(line.trim())) {
        String[] fields = line.split(";");
        BibtexEntry be = new BibtexEntry(Util.createNeutralId());
        be.setType(BibtexEntryType.getType("techreport"));
        be.setField("year", fields[0]);
        be.setField("author", fields[1]);
        be.setField("title", fields[2]);
        bibitems.add(be);
        line = in.readLine();
      }
    }
        return bibitems;
  }
}
    Notez que l'exemple est dans le paquetage par défaut.
    Supposez que vous l'avez sauvé sous
    /mypath/SimpleCsvImporter.java. Supposez aussi que
    JabRef-2.0.jar est dans le même répertoire que
    SimpleCsvImporter.java et que Java est dans votre
    chemin d'exécutables. Compilez-le en utilisant par
    exemple JSDK 1.4 avec
javac -classpath JabRef-2.0.jar SimpleCsvImporter.javaA présent il doit y avoir un fichier
/mypath/SimpleCsvImporter.class.
    Dans JabRef, ouvrez Options -> Gérer les
    importations personnalisées, et cliquez sur
    Ajouter à partir du répertoire. Allez dans
    /mypath et cliquez le bouton
    Sélectionner.... Sélectionnez
    SimpleCsvImporter.class et cliquez sur le bouton
    Sélectionner.... Votre filtre d'importation
    devrait maintenant apparaître dans la liste des filtres
    d'importation personnalisés sous le nom "Simple CSV
    Importer" et, après avoir cliqué sur
    Fermer, aussi dans les menus Fichier -> Importer
    -> Filtres d'importation personnalisés et
    Fichier -> Importer et joindre -> Filtres
    d'importation personnalisés de la fenêtre de
    JabRef.
Avec des fichiers de filtres d'importation personnalisés, il est vraiment simple de partager des formats d'importation personnalisés entre utilisateurs. Si vous écrivez un filtre d'importation pour un format non supporté par JabRef, ou l'amélioration d'un filtre existant, nous vous encourageons à soumettre votre travail sur notre page SourceForge.net. Nous serons heureux de distribuer la collection des fichiers d'importation soumis, ou d'en ajouter à la sélection de filtres d'importation standard.