Bien que JabRef soit d'abord une application graphique, il offre plusieurs options pour la ligne de commande qui peuvent être utiles et qui peuvent réaliser des opérations de conversion de fichiers sans avoir à ouvrir l'interface graphique.
Vous pouvez spécifier le chargement d'un ou de
    plusieurs fichiers BibTeX en indiquant simplement leurs noms.
    Prenez la précaution de spécifier l'ensemble des
    options avant la liste des fichiers. Vous devez toujours
    vérifier que le premier nom de fichier ne sera pas
    compris comme l'argument d'une option - cela veut simplement
    dire que si une option de type logique comme -n ou
    -l précède immédiatement un
    nom de fichier, il faut ajouter le mot "true" comme argument.
    Par exemple, la commande
jabref -o filetoexport.xml,docbook -n true
    original.bib
va charger correctement le fichier original.bib
    et l'exporter au format docbook dans le fichier
    filetoexport.xml sans afficher l'interface
    graphique. Le mot true évite que le nom de
    fichier ne soit interpréter comme un argument de
    l'option -n
Cette option demande à JabRef d'afficher un résumé des options possibles avec la ligne de commande et de quitter immédiatement.
Cette option supprime le lancement de l'interface graphique et du logo JabRef qui apparaît normalement au démarrage de l'application. Elle permet la sortie du programme immédiatement après l'exécution des autres options.
Cette option est quelque fois utile pour réaliser des opérations de conversion à partir de la ligne de commande ou dans un script.
Cette option demande à JabRef de charger la session sauvegardée, si elle existe, avant d'ouvrir la fenêtre principale.
Cette option demande à JabRef
    d'importer ou de charger le fichier indiqué. Si on
    n'indique que le nom du fichier, il est chargé comme un
    fichier BibTeX. Si le fichier est suivi d'une virgule et d'un
    format d'importation, le filtre d'importation correspondant est
    utilisé. Utilisez l'option -h pour obtenir
    la liste des formats d'importations disponibles.
Si une option de sortie est ajoutée, l'importation aura
    toujours lieu avant et le fichier importé ou
    chargé sera ensuite converti selon le format
    d'exportation. Si l'interface graphique (GUI) n'est pas
    supprimée avec l'option -n, les fichiers
    importés ou chargés seront affichés dans
    la fenêtre principale.
L'option -i  ne peut être
    spécifiée qu'une seule fois et pour un seul
    fichier.
Cette option demande à JabRef
    de sauvegarder ou d'exporter un fichier chargé ou
    importé par la même commande ligne. Si le fichier
    importé l'est via une option -i, alors la
    base de données sera exportée. Autrement, le
    fichier spécifié (et chargé avec
    succès) sans l'option -i sera
    exporté. 
Si seul le nom du fichier est indiqué, il est sauvegardé au format BibTeX. Si le fichier est suivi par une virgule et un format d'exportation, le filtre d'exportation demandé sera utilisé. Un filtre d'exportation personnel peut ainsi être utilisé et sera systématiquement préféré au style d'exportation standard de même nom.
Utilisez l'option -h pour avoir la liste des
    formats disponibles.
Si l'option -n n'a pas été
    utilisée, les opérations d'exportation sont
    faites avant l'ouverture de la fenêtre JabRef et la base
    importée ou chargée sera présente dans la
    fenêtre principale.
L'option -o ne peut être utilisée
    qu'une seule fois et pour un seul fichier.
Cette option indique à JabRef d'exporter sous forme d'un fichier .xml, l'ensemble des préférences de l'utilisateur. Après l'exportation, JabRef est lancé normalement.
Cette option indique à JabRef
    d'importer les préférences de l'utilisateur
    préalablement exportées avec l'option
    -x. Après l'importation, JabRef
    démarre normalement.
JabRef enregistre toutes les entrées de la base correspondant à un terme de recherche donné dans un nouveau fichier. Le format du fichier d'exportation peut être choisi, le format par défaut étant un tableau html (avec résumé et BibTeX, fourni par tablerefsabsbib).
Appel : JabRef.jar -m [field=]TermeDeRecherche,FichierDeSortie[,FormatExportation] -n true FichierEntrée
Pour des informations sur la fonction de recherche, voyez l'aide sur la 'recherche avancée'. De plus, il est aussi possible de recherche des entrées sur une période temporelle au lieu de les rechercher uniquement pour une année donnée.
Notez que les termes de recherche contenant des espaces doivent être encadrés par des guillemets.
Exemples
Year=2005 title|keywords=Optimization (author=bock or title|keywords="computer methods")and not(author=sager) Year=1989-2005 Il est quelques fois utile d'avoir un fichier BibTeX qui ne contienne que les références BibTeX utilisées. Une liste de ces entrées utilisées est stockée dans un fichier .aux. JabRef peut analyser ce fichier pour générer un nouveau fichier BibTeX qui ne contiendra que les entrées connues et utilisées. Cela veut dire que si une entrée n'est pas définie dans le fichier BibTeX courant, elle ne sera pas intégrée dans le nouveau fichier.
Les récupérateurs dans le menu Recherche Internet peuvent aussi fonctionner en ligne de commande. Utilisez l'option --fetch en précisant à la fois le nom du récupérateur (par exemple ieee, medline ou jstor) et votre recherche (ou l'identité du papier) ; le récupérateur sera lancé. Notez que certains récupérateurs continueront d'afficher l'interface graphique s'ils nécessitent un retour de votre part. Pour obtenir la liste des récupérateurs disponibles, lancez l'option --fetch sans paramètres.